Ege kıyısında balıkçılıkla geçinen Mustafa ile Mesude'nin hayatı, denizde karşılaştıkları göçmenlerin trajedisiyle geri dönülmez biçimde değişir. Balıkçı ve Oğlu'nda Zülfü Livaneli, televizyondan uzakta görünen bir insani krizi bu çiftin evinin ve evliliğinin tam ortasına taşır. Yarı canlı bir bebekle karşılaşmaları, ebeveynlik arzusunu, vicdanı ve kayıp duygusunu aynı anda harekete geçirir; Samir bebeğin varlığı aile içindeki dengeleri yeniden kurar.
Roman, Akdeniz'i yalnız güzel bir manzara olarak sunmaz. Ölüm tehlikesini göze alan göçmenlerin yolculuğu ile kıyıları ve dağları dönüştüren rant baskısı aynı coğrafyada yan yana durur. Balık çiftlikleri, şirketlerin doğaya verdiği zarar ve geçimini denizden sağlayan insanların kırılganlığı, kişisel hikâyenin toplumsal zeminini oluşturur. Mustafa ile Mesude'nin yaşadığı ahlaki ve duygusal sınav, kadın dayanışması, dostluk ve aile bağları üzerinden genişler.
Zülfü Livaneli, Balıkçı ve Oğlu'nda göç, doğa ve aidiyet meselelerini şiirsel tasvirlerle işleyen çağdaş bir roman kurar. Anlatının etkisi büyük olayları uzaktan sıralamasından değil, bir bebeğin gelişiyle sıradan hayatın nasıl sarsıldığını göstermesinden gelir. İnsanların hayatta kalma mücadelesi ile ekolojik yıkım arasındaki bağ, okura Ege'nin güzelliğini ve bu güzelliğin üzerindeki ağır tehdidi birlikte düşündürür.